（一）貨物運(yùn)輸業(yè)務(wù)稅負(fù)大幅增加

    從我們了解的情況看，物流企業(yè)從事倉儲、貨代等“物流輔助服務(wù)”，其稅收負(fù)擔(dān)基本持平或增加不多，多數(shù)企業(yè)可通過內(nèi)部降本增效等措施自行消化。裝卸搬運(yùn)服務(wù)和貨物運(yùn)輸服務(wù)從3%的營業(yè)稅稅率調(diào)整為11%的增值稅稅率，上調(diào)幅度較大。特別是貨物運(yùn)輸服務(wù)是物流企業(yè)最基本的服務(wù)，且實(shí)際可抵扣項目較少，導(dǎo)致試點(diǎn)后企業(yè)實(shí)際稅負(fù)大幅增加。如，上海德邦物流有限公司1月份實(shí)際稅負(fù)比營業(yè)稅稅負(fù)上升約3.4個百分點(diǎn)，增幅高出1倍還多；上海佳吉快運(yùn)有限公司1~2月由營業(yè)稅實(shí)際負(fù)擔(dān)率1.63%，上升到增值稅實(shí)際負(fù)擔(dān)率4.71%，上升189%；上海中遠(yuǎn)物流公司1月份實(shí)際負(fù)擔(dān)率增加215%。

    僅看部分企業(yè)1月份稅負(fù)情況，也許不具代表性，但與我們此前模擬測算結(jié)果基本吻合。據(jù)2011年3月我會對65家大型物流企業(yè)的調(diào)查，2008~2010年3年年均營業(yè)稅實(shí)際負(fù)擔(dān)率為1.3%，其中貨物運(yùn)輸業(yè)務(wù)負(fù)擔(dān)率平均為1.88%。實(shí)行增值稅后，即使貨物運(yùn)輸企業(yè)發(fā)生的可抵扣購進(jìn)項目實(shí)務(wù)中全部可以取得增值稅專用發(fā)票進(jìn)行進(jìn)項稅額抵扣，實(shí)際增值稅負(fù)擔(dān)率也會增加到4.2%，上升幅度為123%。

    造成這一狀況的主要原因：一是貨物運(yùn)輸業(yè)務(wù)增值稅稅率偏高；二是可抵扣進(jìn)項稅額偏少。改征增值稅后，交通運(yùn)輸企業(yè)可抵扣的項目主要為購置運(yùn)輸工具和燃油、修理費(fèi)所含的進(jìn)項稅。由于運(yùn)輸工具購置成本高、使用年限長 （尤其是船舶，使用年限可達(dá)20年以上），多數(shù)相對成熟的大中型企業(yè)，未來幾年或更長時間不可能有大額資產(chǎn)購置，因此實(shí)際可抵扣的固定資產(chǎn)所含進(jìn)項稅很少。在貨物運(yùn)輸業(yè)務(wù)中，燃油、修理費(fèi)等可抵扣進(jìn)項稅的成本在總成本中所占比重不足40%，即使全部可以取得增值稅專用發(fā)票并進(jìn)行進(jìn)項稅額抵扣，實(shí)際負(fù)擔(dān)率也會顯著增加。此外，人力成本、路橋費(fèi)、房屋租金、保險費(fèi)等主要成本均不在抵扣范圍，也是稅負(fù)增加的重要原因。

    貨物運(yùn)輸業(yè)是充分競爭的行業(yè)，平均利潤率只有3%左右。稅負(fù)增加的結(jié)果，一方面進(jìn)一步擠壓企業(yè)利潤，影響行業(yè)發(fā)展；一方面在自身難以消化的情況下，必然引起運(yùn)價上漲，從而推高物價。這樣的結(jié)果，顯然有違《試點(diǎn)方案》中，關(guān)于“改革試點(diǎn)行業(yè)總體稅負(fù)不增加或略有下降”的指導(dǎo)思想。2012年年初，上海市出臺《關(guān)于實(shí)施營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)過渡性財政扶持政策的通知》 （滬財稅 [2012]5號），對上海市“營改增”試點(diǎn)過程中因新老稅制轉(zhuǎn)換而產(chǎn)生稅負(fù)有所增加的試點(diǎn)企業(yè)實(shí)施過渡性財政扶持政策，也反映了部分行業(yè)稅負(fù)增加較多的現(xiàn)實(shí)。但從長期來看，不能依靠過渡性財政扶持政策根本解決企業(yè)稅負(fù)大幅增加的現(xiàn)實(shí)問題。

    （二）物流業(yè)務(wù)各環(huán)節(jié)稅率不統(tǒng)一問題仍未解決

    我國現(xiàn)行營業(yè)稅制度將物流業(yè)務(wù)劃分為交通運(yùn)輸業(yè)與服務(wù)業(yè)兩類稅目，運(yùn)輸、裝卸、搬運(yùn)稅率為3％，倉儲、配送、代理等稅率為5％。物流業(yè)務(wù)各環(huán)節(jié)稅目不統(tǒng)一、稅率不相同、發(fā)票不一致，是多年來困擾物流業(yè)發(fā)展的政策瓶頸。

    為此，“國九條”明確指出：“要結(jié)合增值稅改革試點(diǎn)，盡快研究解決倉儲、配送和貨運(yùn)代理等環(huán)節(jié)與運(yùn)輸環(huán)節(jié)營業(yè)稅稅率不統(tǒng)一的問題。”而《試點(diǎn)方案》依舊對物流業(yè)設(shè)置了“交通運(yùn)輸服務(wù)”和“物流輔助服務(wù)”兩類應(yīng)稅服務(wù)項目，交通運(yùn)輸服務(wù)按照11%的稅率，物流輔助服務(wù)按照6%的稅率征收增值稅。

    整合各類物流資源，實(shí)行供應(yīng)鏈管理，一體化運(yùn)作，開展一票到底業(yè)務(wù)、一站式服務(wù)，是物流企業(yè)基本的運(yùn)作模式，也是客戶普遍的服務(wù)要求。在實(shí)際經(jīng)營中，各項物流業(yè)務(wù)上下關(guān)聯(lián)，很難區(qū)分運(yùn)輸服務(wù)與物流輔助服務(wù)，人為劃分不僅不適應(yīng)現(xiàn)代物流一體化運(yùn)作的需要，也增加了稅收征管工作的難度。

    （三）操作過程中還有一些具體問題亟待明確

    一是快遞企業(yè)適用稅率仍不明確。在現(xiàn)行營業(yè)稅體制下，由于對政策理解和掌握尺度不盡一致，各地基層稅務(wù)機(jī)關(guān)對快遞業(yè)營業(yè)稅稅目的認(rèn)定上存在差異。分別有交通運(yùn)輸業(yè)、貨代業(yè)、郵電通信業(yè)等3種不同的身份認(rèn)定。征管標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一，是長期困擾快遞企業(yè)的政策問題。但是由于在營業(yè)稅體制下，稅收差異不大，矛盾并未凸顯。“營改增”試點(diǎn)后，試點(diǎn)地區(qū)稅務(wù)機(jī)關(guān)實(shí)際操作中是依據(jù)原營業(yè)稅納稅稅目來確定試點(diǎn)納稅人。這次被認(rèn)定為試點(diǎn)納稅人的快遞企業(yè)，多數(shù)按照交通運(yùn)輸業(yè)納稅人對待，適用11%的增值稅稅率。有的快遞企業(yè)不在試點(diǎn)范圍之內(nèi)，依舊按照郵電通信業(yè)繳納營業(yè)稅。這樣，不僅造成同業(yè)間適用稅目不一致，而且稅負(fù)差異較大，導(dǎo)致同類企業(yè)稅負(fù)不公。快遞業(yè)屬于勞動密集型企業(yè)，人力成本占總成本比重較高，可以抵扣的項目更少。如按交通運(yùn)輸業(yè)11%稅率征收增值稅，稅負(fù)將大幅增加。

    二是物流企業(yè)集團(tuán)及其分、子公司無法合并繳納增值稅。《交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》第七條規(guī)定：“兩個或兩個以上納稅人，經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)可以視為一個納稅人合并納稅。”2011年12月30日，財政部、國家稅務(wù)總局發(fā)布《關(guān)于中國東方航空公司執(zhí)行機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人增值稅計算繳納暫行辦法的通知》 （財稅[2011]132號），允許中國東方航空公司及其分、子公司合并繳納增值稅。

    由于一體化運(yùn)作、網(wǎng)絡(luò)化經(jīng)營的需要，物流企業(yè)普遍采用總部統(tǒng)一采購運(yùn)輸工具、分公司實(shí)際運(yùn)營的方式，造成分公司可抵扣進(jìn)項稅額很少，而總部形成大量進(jìn)項稅留底的情況。又如，同一集團(tuán)下屬內(nèi)部貨代公司向運(yùn)輸公司采購大量運(yùn)力，貨代公司按照6%繳納增值稅，取得的運(yùn)費(fèi)增值稅發(fā)票可按照11%抵扣，貨代公司可能形成大量進(jìn)項稅留底；而運(yùn)輸公司稅率由3%提高到11%，稅負(fù)大幅增加。如允許集團(tuán)化的物流企業(yè)合并繳納增值稅，將平衡集團(tuán)內(nèi)稅收負(fù)擔(dān)，支持物流企業(yè)向大型化、集團(tuán)化發(fā)展。

    三是增值稅發(fā)票征管問題。物流企業(yè)與傳統(tǒng)生產(chǎn)制造企業(yè)的業(yè)務(wù)模式和客戶類型差異較大，有些物流企業(yè) （如，貨物運(yùn)輸代理服務(wù)、代理報關(guān)服務(wù)、倉儲服務(wù)和裝卸搬運(yùn)服務(wù)等）開票金額小、頻率高、數(shù)量大。如，中外運(yùn)長航集團(tuán)下屬華東公司，每月開具發(fā)票約2.5萬份，取得的發(fā)票則超過10萬份。物流企業(yè)在發(fā)票的購買、開具、比對等方面工作量太大，不僅企業(yè)增加了人力成本，也給稅務(wù)機(jī)關(guān)增值稅發(fā)票征管工作帶來很大不便。

    四是現(xiàn)行的增值稅會計核算方法不符合行業(yè)特點(diǎn)。多年來，物流業(yè)等現(xiàn)代服務(wù)業(yè)形成了自身會計核算方法。《上海市財政局關(guān)于本市營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)有關(guān)差額征稅會計處理的通知[試行]》 （滬財會[2012]8號）對試點(diǎn)納稅人會計核算作了規(guī)定，要求物流企業(yè)確認(rèn)收入成本的同時確認(rèn)增值稅額。在實(shí)際業(yè)務(wù)中，物流企業(yè)收入成本確認(rèn)方式，開具發(fā)票和取得發(fā)票的時點(diǎn)與原增值稅一般納稅人企業(yè)不盡相同，該文件實(shí)務(wù)中難以操作。同時，大部分大型物流企業(yè)已經(jīng)形成了差額納稅的財務(wù)處理流程，企業(yè)賬務(wù)系統(tǒng)改造和會計核算調(diào)整需要一定的時間和資金投入。